Actul Unirii Principatelor, act de mare însemnătate din istoria poporului român apare ca un rezultat firesc al dezvoltării treptate a conştiinţei unităţii de origine, de limbă şi de credinţă a românilor de pretutindeni, ca o încununare a strădaniilor de veacuri ale poporului român pentru realizarea unităţii sale statale. După războiul Crimeii (1853-1856), s-au creat condiţii favorabile pentru unirea Ţării Româneşti şi a Moldovei într-un singur stat. În vremea frământărilor şi a luptelor pentru Unire, clerul ortodox român s-a alăturat partidului unionist, sprijinindu-i cu căldură toate acţiunile. Printre cei mai de seamă susţinători ai Unirii se număra însuşi întâistătătorul Bisericii moldovene, mitropolitul Sofronie Miclescu. La cererea sa, arhimandritul Neofit Scriban, pe atunci profesor la Seminarul de la Socola, a scris lucrarea Unirea şi neunirea Principatelor, în care arăta foloasele bisericeşti, politice, administrative şi economice pe care le-ar aduce Unirea. Astfel el spunea aici că Biserica nu săvârşeşte niciodată liturghiile sale, fără ca să rostească cuvintele: „Pentru Unirea tuturor, Domnului să ne rugăm". În afară de acestea, mai spune el că trebuie privit în special la care ar fi bunurile şi principiile Unirii Principatelor. Cu privire la partea religioasă se poate spune că o naţiune puternică şi respectată de către celelalte puteri, are şi clerul şi Biserica sa respectată.
Fiind combătută de separatişti, Neofit Scriban a scris o a doua lucrare, intitulată Foloasele Unirii Principatelor Române. Un alt distins membru al clerului, arhimandritul Melchisedec Ştefănescu, a rostit, în catedrala episcopală din Huşi, o înflăcărată predică în sprijinul unirii, tipărită apoi sub titlul Jertfă pentru Unirea Principatelor. Arhimandritul Melchisedec spunea cu altă ocazie într-o cuvântare că vine a-şi exprima clerul dorinţele sale înaintea Adunării naţionale. Precum uşor se poate vedea, acestea nu sunt nişte dorinţe simple, de vreo influenţă particulară sau de vreun interes de castă, ci sunt dorinţe de interes naţional, dorinţe de progres pentru cler în paralel cu progresul ce se doreşte pentru întreaga societate. Poziţia clerului în societate, între celelalte interese ale naţiei, este cea mai legitimă şi mai potrivită cu spiritul evangheliei: poziţia păstorului, care suferă în tăcere toate intemperiile iernii împreună cu turma sa, aşteptând sosirea primăverii cea veselitoare pentru turmă, care să facă şi a lui bucurie. Aşadar, ideea este că păstrarea religiei noastre şi progresul trebuie să fie deviza clerului român. Tocmai aceasta - mai preciza arhimandritul Melchisedec - o şi exprimă Comitetul clerului în dorinţele sale speciale ce se propun de către majoritatea acelui Comitet. Trebuie precizat cu tărie că biserica noastră este membru al bisericii ecumenice, că mărturiseşte şi păzeşte fără schimbare toate dogmele şi sfintele canoane apostolice şi sinodale, precum şi sfintele tradiţii, conformându-se întru totul cu biserica Răsăritului în ceea ce priveşte credinţa. Chemarea clerului este chemarea Apostolilor, pe care Mântuitorul i-a trimis în lume zicându-le: „Mergând învăţaţi toate neamurile"; şi din această privinţă El i-a numit când lumină a lumii, când sare a pământului, când cetate stătătoare deasupra muntelui, şi de la ignoranţa lor deduse ignoranţa poporului. Dacă lumina este întuneric, dar întunericul cât va fi!
Arhimandritul Iosafat face un apel către fraţii români în care aduce cuvinte de omagiere şi cuvinte de îmbărbătare pentru lupta pe care trebuie să o ducă românii.
Adânc convins de măreţia actului pe care voiau să-l realizeze partizanii Unirii, episcopul Filotei a îmbrăţişat cu entuziasm ideile Unirii, fiind alături de partidul naţional, dintru început. Încă din luna ianuarie 1857, trimitea protopopilor circulara prin care îndemna clerul să facă rugăciuni pentru unirea şi înfrăţirea românilor. În această circulară se adresează tuturor protopopilor şi preoţilor, precum şi cuvioşilor călugări şi spunea că legea strămoşilor noştri şi crucea lui Hristos, semnul nădejdii şi al mântuirii noastre a fost semnul unirii şi al înfrăţirii românilor, simbolul libertăţii lor şi nădejdea lor întru toate primejdiile politice, religioase şi naţionale. Mai spune el că datoria clericilor fiind de a înălţa rugăciuni Părintelui ceresc pentru unirea şi înfrăţirea Românilor într-o singură voinţă şi un cuget ca să aleagă pe deputaţii lor vrednici de a lor încredere, care să sprijine şi să ceară drepturile şi viaţa patriei lor, el porunceşte tuturor protopopilor şi preoţilor şi tuturor călugărilor şi prin ei la tot poporul, ca să se facă Te-Deum şi privegheri prin biserici, rugând pe Dumnezeu ca Duhul luminii, al dragostei şi al ţării să unească inimile tuturor Românilor în aceeaşi dorinţă şi voinţă, pentru binele şi fericirea patriei, citindu-se rugăciunile şi molitfele prevăzute în Sfânta Liturghie pentru vrăjmaşi.
În anul 1860, la 24 iulie, mitropolitul Nifon al Ungrovlahiei adresează o pastorală către protopopi pentru consolidarea unirii Principatelor Române care se săvârşise cu un an în urmă, la 24 ianuarie 1859. Preotul, spunea bătrânul mitropolit, ca slujitor al Bisericii, trebuie să fie îngerul vestitor al unirii, înfrăţirii, dragostei şi păcii. În această pastorală mitropolitul Nifon spunea că frumoasele cugetări ale domnitorului, ţintind la progresul şi fericirea Românilor, aduc convingerea că, concursul cel mai mare îl aşteaptă de la Biserică, căci o naţie nu poate progresa, nici ajunge la fericirea sa, fără adevărată unire, înfrăţire şi pace. Preotul dar, ca slujitor al Bisericii, trebuie să fie îngerul vestitor al unirii, înfrăţirii, dragostei şi păcii. Preotul trebuie să insufle poporenilor săi respectul către religie, prin care se întăreşte şi respectul către Domnitor. Preotului îi sunt încredinţate sufletele poporului, pe care are să-l conducă pe dreptele cărări către adevăratul scop naţional; cu drept cuvânt dar, se cere şi se aşteaptă mult de la Biserică. Prin această circulară se îndeamnă să fie îndepărtaţi cei care provoacă scandal şi dezbinare şi aduc nelinişte în sufletele paşnice şi liniştite. Această circulară trebuie să ajungă la toţi preoţii pentru a o pune în practică.
Guvernarea lui Cuza a avut ca obiective principale desăvârşirea unificării politice, administrative şi legislative a Principatelor Unite, recunoaşterea acestui fapt de către marile puteri, precum şi introducerea reformelor politice şi sociale indispensabile bunei funcţionări a noului stat. După alegerea lui Alexandru Ioan Cuza ca domn în amândouă Principatele, în Biserică au avut loc o seamă de reforme, care au dus la schimbări profunde în viaţa ei. Primele schimbări s-au produs în însăşi ierarhia bisericească.
Prin realizarea Unirii Principatelor Române, în anul 1859, numită şi „unirea cea mică", s-au pus bazele îndeplinirii idealului de veacuri al poporului român: unitatea statală, care s-a realizat la 1 Decembrie 1918 la Alba Iulia.
