Episcopul Melchisedec a fost unul din cei mai de seamă cărturari din secolul XIX, scriind îndeosebi studii de istorie, care își păstrează valoarea până azi. A studiat, de asemenea, viața unor vlădici de seamă din trecut: Viața și scrierile lui Grigorie Țamblac, Biografia episcopului Dionisie Romano, Din viața mitropolitului Filaret II al Ungrovlahiei, Viața mitropolitului Antim Ivireanul etc. Alte lucrări, printre care și o Istorie a Mitropoliei Moldovei, au rămas în manuscris. Pentru bogata sa activitate științifică, Academia Română l-a ales membru activ al ei. Ca episcop, s-a dovedit un bun organizator și un bun păstor de suflete. La Roman a ridicat, în incinta Episcopiei, case noi, precum și o frumoasă clopotniță la intrare. În fața Episcopiei a construit o grădiniță de copii. Averea sa a lăsat-o în grija unei epitropii, urmând ca din veniturile ei să se trimită, anual, câte un student la Academia din Kiev, să se înființeze în Roman o grădiniță de copii, precum și o școală de cântări bisericești, în care să se primească numai copii orfani, cu întreținere gratuită. Bogata sa bibliotecă, precum și o colecție numismatică, le-a lăsat Academiei Române. Deci, și prin testamentul său și-a arătat marea sa dragoste pentru Biserică și dorința de propășire a poporului.
De asemenea, episcopul Melchisedec Ștefănescu, în timpul Războiului de Independență, a dat dispoziții ca preoții să strângă ofrande pentru ostașii români, fie pe listele Crucii Roșii, fie pe ale comitetelor formate în acest scop, iar în cazul când nu existau asemenea liste, să le întocmească protopopii. El însuși a făcut câteva daruri însemnate în bani. Melchisedec a dovedit că este un om superior, nu numai în viață, ci și după moarte, prin testamentul său. Averea sa consta dintr-un capital de 150.000 lei noi (la care s-au adăugat 10.000 din partea fratelui său, arhiereul Valerian), o prisacă cu 100 de stupi, două rânduri de case într-o grădină situată în fața Episcopiei. Prin testament, a rânduit ca această avere să fie administrată de epitropie, în frunte cu episcopul de Roman, iar din veniturile ei să se dea anual 1.000 de lei unui tânăr care să studieze în Academia teologică din Kiev. Dintre tinerii care au beneficiat de burse oferite de Fundația Melchisedec, pot fi amintiți preoții Ludovic Cosma, Victor Gervescu, Ioan Țincoca, profesorii Vespasian Erbiceanu, Constantin Nazarie, Ștefan Berechet, viitorul patriarh Nicodim Munteanu și alții. Tot prin testament, a rânduit ca în satele sale din fața Episcopiei să se înființeze o grădiniță pentru copiii din Roman, precum și o școală de cântăreți, în care să fie primiți numai copii orfani, având întreținerea gratuită. Bogata sa bibliotecă (82 manuscrise și 2.511 cărți), precum și colecția numismatică (114 monede), le-a lăsat Academiei Române. Era una din cele mai bogate biblioteci de la sfârșitul secolului XIX, cu lucrări de cuprins foarte variat: istorie, literatură, teologie, probleme politico-sociale, pedagogie, economie, agricultură, științe, medicină, artă, publicații periodice etc. Astfel, și-a înscris numele, alături de al episcopului Dionisie de la Buzău și al mitropolitului Iosif Naniescu, printre ctitorii Bibliotecii Academiei Române. La 22 mai 1877, episcopul Melchisedec primește o scrisoare redactată în românește de la consulul P. Romanenco, prin care acesta aduce mulțumiri episcopului pentru donația de 2,400 kg ceai, 32 kg zahăr și două bucăți de pânză în lungime de 72 de coți, destinate pentru ambulanța armatei imperiale. Episcopul Melchisedec are o contribuție de seamă, și prin fapte, la sprijinirea Războiului de Independență. La apelul lansat de ministrul M. Kogălniceanu, episcopul donează o mie de franci, din banii săi, pentru cumpărarea de arme. Prin telegrama datată 23/9 - 1877, ministrul Kogălniceanu exprimă episcopului recunoștință în numele Domnitorului și al Țării pentru ofranda de o mie de franci ce a făcut-o pentru cumpărarea de arme. Din două concepte autografe ale episcopului, din 12 septembrie 1877, aflăm că el a înaintat Ministerului de război un bon domenial, ieșit la sorți în iulie 1876, cu 28 de cupoane, rugând ca suma arătată să fie alăturată la sumele destinate pentru cumpărarea de arme. Cu data de 26 septembrie 1877, ministrul afacerilor externe Kogălniceanu, cu adresa nr. 11886, în numele guvernului, aduce vii mulțumiri pentru patriotice ofrande. Al doilea concept este o telegramă adresată Doamnei României, prin care episcopul Melchisedec pune la dispoziție, măriei-sale, două mii de franci, în două bonuri domeniale, pentru îngrijirea răniților, soldați români și ruși. Prin telegrama de la oficiul Cotroceni, datată 22 septembrie 1877, i se aduc episcopului vii mulțumiri în numele răniților. Suma trimisă va fi împărțită: 1000 franci spitalului de la Cotroceni și 1000 franci spitalului rus. La 16 septembrie 1877, episcopul Melchisedec tipărește o carte pastorală către creștinii din eparhia sa, redactată în cele trei limbi ale popoarelor care luptau în război: română, rusă, bulgară. În Cartea sa pastorală, episcopul Melchisedec arată că războiul ce urmează pentru Independența Țării și pentru libertatea creștinilor înmulțește, pe zi ce merge, tot mai mult numărul răniților. Îngrijirea răniților reclamă de la patriotismul și dragostea noastră creștină, ajutoare multe și grabnice spre salvarea vieții acestor martiri ai țării și ai crucii creștine. Pentru acest scop, episcopul a orânduit ca timp de o lună de zile, în timpul sfintelor slujbe, să se poarte prin biserici un disc pentru donații, iar, pe de altă parte, credincioșii sunt îndemnați să se roage pentru izbânda armatelor creștine. Ca rezultat al difuzării cărții pastorale în eparhia sa, episcopul Melchisedec, cu scrisoarea de la 25 noiembrie 1877, fiind la București, depune suma de 1510 lei, 72 bani, adunați până atunci în folosul soldaților români, răniți în război, care reprezintă sentimentele pioase și naționale ale fiilor săi spirituali. Totodată, asigură că nu va întârzia a înainta și alte ofrande de felul acesta. Așadar, se poate aprecia că episcopul Melchisedec a avut o contribuție de seamă la războiul pentru independența de stat a României, prin cumpărarea de arme, prin Cartea pastorală dată în eparhia sa, în care a îndemnat la ofrande din partea fiecăruia pentru îngrijirea răniților, prin donația personală de 2000 de franci în folosul răniților, prin adunarea sumei de 1510 lei, de la pioșii creștini, pentru spitale. Netăgăduit că vor fi fost și alte donații, pe care timpul nu ni le-a păstrat. Este de amintit și aportul său moral, mai ales prin acel apel la sentimentele patriotice cu care a înflăcărat pe cei păstoriți, a îmbrățișat pe ostași și s-a rugat pentru izbânda cauzei mărețe de Independență a României și eliberare a popoarelor creștine.
