După moartea mitropolitului Nifon, colegiul electoral, întrunit în ziua de 31 mai 1875, a ales în locul său pe Calinic Miclescu, mitropolitul Moldovei.
Păstoria sa în fruntea Bisericii românești a durat peste unsprezece ani, și în timpul ei, în anul 1881, s-a realizat o mai veche doleanță a clerului nostru, înființându-se Facultatea de Teologie din București, care peste doi ani însă, din lipsă de fonduri, și-a închis cursurile, reluându-și-le tocmai la 4 noiembrie 1884. La 17 ianuarie 1882, Tipografia Cărților Bisericești, prin purtarea de grijă a mitropolitului Calinic, și-a inaugurat o nouă perioadă de activitate, neîntreruptă nici azi. Tot în acest an, la 25 martie 1882, se sfințește pentru prima dată Sfântul și Marele Mir în țara noastră, iar la 25 aprilie 1885, Biserica românească este recunoscută autocefală de către patriarhia ecumenică din Constantinopol, ca urmare a independenței României, câștigată prin jertfa ostașilor români căzuți în războiul cu turcii, din anul 1877.
După cucerirea Independenței de stat a României, a crescut și prestigiul ei în afara granițelor sale. A crescut însă și autoritatea Bisericii noastre, încât era necesară acum recunoașterea independenței sau autocefaliei sale din partea Patriarhiei ecumenice. În aprilie 1885, mitropolitul primat Calinic Miclescu a trimis o scrisoare patriarhului Ioachim, prin care îi aducea la cunoștință proclamarea autocefaliei Bisericii noastre, cerând doar recunoașterea ei, potrivit rânduielilor canonice ale Bisericii Răsăritului. Patriarhul a răspuns mitropolitului primat și ministrului Cultelor din acea vreme, la 25 aprilie 1885, arătând că a luat în considerare, împreună cu membrii Sinodului său, cererea Bisericii Ortodoxe Române, pe care o recunoștea ca autocefală. În aceeași zi, s-a dat Tomosul de autocefalie, semnat de patriarh și de 10 membrii ai Sinodului patriarhal. Tot atunci, s-a comunicat tuturor Bisericilor Ortodoxe surori, recunoașterea autocefaliei Bisericii Ortodoxe Române. În felul acesta, după lupte și frământări care au durat aproape un sfert de veac, Biserica noastră a intrat în rândul Bisericilor autocefale, cu care păstra unitatea dogmatică și canonică, aducându-și contribuția la ridicarea prestigiului întregii Ortodoxii.
Autocefalia obținută la 25 aprilie 1885, în urma unor lungi și necurmate lupte duse deopotrivă de ierarhia Bisericii noastre și de autoritatea de stat, este piatra unghiulară care a stat la baza edificării Patriarhiei Române, înființată în 1925, precum și a dezvoltărilor ulterioare, care au creat Bisericii noastre un prestigiu de neegalat în lumea ortodoxă. Autocefalia Bisericii Ortodoxe Române a existat, așadar, din cele mai vechi timpuri ale existenței sale, fiind proclamată în 1864, în timpul domniei lui Alexandru Ioan Cuza, dar recunoscută formal, de Patriarhia ecumenică, abia la 25 aprilie 1885. Autocefalia Bisericii Ortodoxe Române a fost proclamată în țară, de Stat și de Biserică deopotrivă, iar Patriarhia ecumenică a fost pusă în fața unui fapt împlinit, cerându-i-se doar o confirmare a unei stări de lucruri existente, întrucât Constantinopolul deținea întâietatea de onoare în rândul celorlalte Biserici Ortodoxe surori.
Mitropolitul Calinic Miclescu a trăit până la 14 august 1886, când și-a dat obștescul sfârșit, fiind dus și înmormântat la Mânăstirea Neamț.
