O parte dintre insule erau cândva legate de continent, iar în momentul separării, viața era deja prezentă pe acestea. Cealaltă parte s-a născut în mijlocul mării și al oceanelor în urma unor erupții vulcanice (vulcani acvatici) sau cutremure. Păsările de mare au transportat semințe prinse pe penele și picioarele lor sau le-au înghițit și apoi le-au eliminat prin excremente. De asemenea, unele animale și plante au fost aduse de curenți. În acest mod, pinguinii-imperiali ar fi putut fi aduși pe insulele Galapagos de curentul Humboldt. Insectele, moluștele și reptilele au ajuns pe insule purtate de crengi sau bucăți de lemn plutitoare. Astfel, șopârlele ar fi putut coloniza anumite insule.
