După instaurarea regimului comunist în România, avea să înceapă și la noi lupta contra religiei și prigonirea Bisericii sub directa îndrumare a organizațiilor ateiste. Acest regim ateist a urât orice fel de credință, iar scopul exterminării preoților a fost mai sus decât micile opoziții ale acestora. Se urmărea ca Biserica să rămână decapitată iar românii să fie împinși către secte, pentru a se dezbina și pentru a-și pierde morala și încrederea în eficiența muncii lor. Lagărele de muncă forțată și închisorile au cunoscut un număr impresionant de clerici și teologi. Conform studiilor de specialitate, numărul preoților ortodocși despre care există informații primitoare la perioadele de detenție este de 1785, din care 194 au fost călugări și călugărițe, iar 1591 au fost preoți, teologi ori simpli studenți. Dintre ei 150 nu s-au mai întors niciodată acasă, murind în închisori datorită condițiilor inumane sau fiind împușcați.
Izolarea completă, teroarea, tortura fizică și psihică, foamea, bolile și munca forțată au fost cele care au transformat închisorile în locuri ale morții. Transmiterea unei infirmații, ajutorul acordat unui coleg de celulă, sau depistarea la percheziții a oricărui obiect interzis erau considerate acte de sabotaj și erau pedepsite cu pedepse corporale, bătăi și chiar cu zile de carceră, de unde cel în cauză se întorcea cu adevărat terminat, pentru că acolo trebuia să stai zi și noapte în picioare, desculț pe ciment și apă. În celule condițiile erau inumane. În lagărele de muncă erau puși să lucreze până la exterminare. De această soartă au avut parte și preoții, care erau strânși în grupe speciale fiind considerați „periculoși" și obligați să muncească 12, 24 sau chiar 36 de ore pentru a-și realiza norma. Alteori preoții au purtat lanțuri la picioare care au lăsat urme ce pot fi văzute și astăzi. În pofida tuturor acestor tratamente inimaginabile preoții noștri, în marea lor majoritate, au știut să rămână încrezători în Dumnezeu și nu și-au dezmințit misiunea, care o primiseră la hirotonie. În închisori se slujea pe ascuns, se făceau rugăciuni și uneori chiar se împărtășeau iar în penitenciarul de la Aiud rugăciunea nu se întrerupea niciodată, ea perpetuându-se din celulă în celulă. Când deținuții oboseau, ei băteau în peretele celulei vecine și colegii lor știau astfel că trebuie să continue rugăciunea. De asemenea și copii preoților au avut de suferit, fiind dați astfel afară din școli și servicii sau chiar amenințați și anchetați.
Biserica ortodoxă a fost nevoită după 1948 să-și întrerupă activitatea caritabilă fiind desființate toate așezămintele de acest gen. Tot atunci au fost desființate toate periodicele bisericești cu excepția „Telegrafului român". În ce privește instituțiile superioare de pregătire a viitorilor preoți a fost admisă doar existența a două Institute teologice de grad universitar la București și Sibiu. Mulți dintre ierarhii ortodocși au fost siliți să se pensioneze și să trăiască cu domiciliu forțat pe la mănăstiri. Tot atunci s-au desființat episcopiile de la Argeș, Constanța, Suceava, Huși, Maramureș, Caransebeș și Episcopia Armatei, precum și posturile de arhierei vicari. Fostele eparhii românești din Basarabia și Bucovina au fost „puși în retragere" vreo douăzeci de ierarhi. Prezentăm șirul ierarhilor care au fost nevoiți să se retragă: mitropoliții Visarion Puiu al Bucovinei, Efrem Enăchescu al Chișinăului, Tit Simedrea al Bucovinei, Nifon Criveanu al Olteniei, Irineu Mihălceanu al Moldovei, apoi episcopii: Cosma Petrovici, Lucian Triteanul, Emilian Antal, Atanasie Dincă, Teodor Scorobeț, Pavel Șerpe, Nicolae Popovici, Veniamin Nistor, Grigorie Leu, Veniamin Pocitan, Policarp Morușca, Vasile Lăzărescu. Aceste retrageri forțate, sau mai bine zis pensionări forțate ale ierarhilor Bisericii, au fost însoțite și de alte evenimente. Astfel în 1959 au fost desființate multe schituri și mănăstiri ortodoxe din toată țara, sute de călugări și călugărițe printre care și unii înaintați în vârstă au fost scoși cu forța din ele și trimiși fie la familiile lor, fie la muncă în diferite unități de stat. În București au fost demolate peste 20 de biserici dintre care unele erau declarate monumente istorice sau de artă ca mănăstirile Cotroceni, Văcărești și Pantelimon, Bisericile Sfântu Spiridon Vechi, Sfânta Vineri, Spirea Nouă, Sfânta Treime și altele.
În închisorile comuniste au avut de suferit și un număr impresionant de profesori de teologie cum ar fi: Dumitru Stăniloaie, Nichifor Crainic, Teodor Popescu, Florea Mureșanu, Liviu Galaction Munteanu, Constantin Tomescu, Ilarion Felea, Spiridon Cândea etc. Alături de marii noștri profesori, în închisori se aflau și un număr mare de prestigioși teologi și preoți cărturari dintre care menționăm: Dumitru Bălașa, Constantin Galeriu, Vasile țepordei, părintele Ioan Iovan, Mitropolitul Bartolomeu Anania, Mitropolitul Ardealului Antonie Plămădeală. Între cei arestați au fost însă și studenți teologi care au fost supuși unui regim special tocmai pentru că se pregăteau să devină propovăduitori ai principiilor morale creștine. Numărul studenților teologi închiși este mare, iar a încerca o inventariere a acestora într-o listă este extrem de complicat. În ceea ce privesc cauzele pentru care preoții au fost arestați, acestea au fost dintre cele mai „variate", astfel preoții au fost arestați pentru: sabotaj, agitație publică, activitatea anticomunistă și multe alte cauze de acest gen.
Concluzionând, statistica spune că numărul preoților și teologilor arestați este de 1785 din care 1546 - preoți, 194 călugări sau călugărițe și 45 studenți teologi. De asemenea numărul celor decedați în închisori este de 150 din care 17 împușcați. Raportând aceste date la numărul total al preoților ortodocși existenți la acea dată, în jur de 10.000, înseamnă că aproape 20% au fost arestați, iar din cei arestați aproape 1% nu s-au mai întors niciodată. Cu toate acestea putem spune despre slujitorii Bisericii noastre că și-au îndeplinit cu prisosință misiunea lor, lucrând neîncetat chiar și în întunericul temnițelor pentru păstrarea nealterată a moralității creștine. Ierarhii noștri dar și marii teologi lucrau și ei pentru aceste cauze, dar și pentru a putea păstra deschise ușile sfintelor noastre biserici, chiar dacă atunci când erau descoperiți erau aspru pedepsiți fiind siliți să-și ceară pensionarea ori fiind și ei aruncați în temnițe. Funcționarea însăși a Bisericii străbune este așadar dovada cea mai plauzibilă că în România, regimul comunist nu a reușit să stingă lumina care continuă să constituie speranța viitorului.
